Сеченовский Хакатон

по биоинформатике и клинической онкологии
6-7 Ноября 2023 года

Вход на сайт

hackathon

от hacker «хакер» + marathon «марафон» форум для разработчиков, во время которого специалисты из разных областей разработки программного обеспечения сообща решают какую-либо проблему на время.

о Хакатоне

Хакатон это

Хакатон — мероприятие, призванное стимулировать появление новых идей в выбранной предметной области и доведение их до реализации непосредственно на площадке мероприятия. Особый формат Хакатона позволяет объединить Участников различных профессий, с различными компетенциями и дать им возможность познакомиться с новой предметной областью под руководством Менторов. Творческая неформальная атмосфера способствует не только созданию новых решений по непосредственной тематике мероприятия, но и позволяет наладить взаимодействие между Участниками и Менторами.

Положение о Сеченовском хакатоне
по биоинформатике и клинической онкологии

6-7 ноября
ОНЛАЙН

Ссылка будет направлена

после рассмотрения резюме

Цели

Цели Хакатона

Событие продолжит традицию и станет третьим Сеченовским Хакатоном по Биоинформатике. Первый проходил «вживую» в Сеченовском Университете, а второй – дистанционно. Оба прошли, на наш взгляд, успешно и смогли решить следующие фундаментальные задачи:

-Как количественно измерить не только скорость структурной, но и регуляторной эволюции генов?
-Какие гены и молекулярные процессы у предков человека эволюционировали быстрее, а какие медленнее? Какие на структурном, а какие на регуляторном уровне?
-Коррелируют ли скорости регуляторной и структурной эволюции для отдельно взятых генов и молекулярных процессов?
-Связано ли число связей (коннектом) системы с её эволюционным консерватизмом?
-Какие из основных отвечающих за развитие рака процессов эволюционируют быстро, а какие, наоборот, медленно? А если точнее, как быстро эволюционируют индивидуальные узлы в опухолевом интерактоме (то есть всём множестве взаимодействующих молекул)?

Основными целями проведения Хакатона являются:

РЕШЕНИЕ ИНТЕРЕСНЫХ ВОПРОСОВ ОНКОГЕНОМИКИ

Для нового третьего, Сеченовского Хакатона, мы подобрали такую группу фундаментальных научных вопросов:

1. Различаются ли группы генов со сцепленной экспрессией для здоровых и опухолевых тканей?
-Известно, что некоторые гены экспрессируются координированно, то есть профили их экспрессии достоверно положительно либо отрицательно коррелируют, находясь, соответственно, в фазе или в противофазе. Мы хотим ответить на вопрос, одинаково ли формируются такие группы генов с координированной экспрессией в здоровых и раковых тканях человека? Насколько сильно различаются такие сцепленные группы генов между разными типами здоровых тканей у человека? А между опухолевыми тканями?

2. Насколько сцепленно экспрессируются гены основных опухолевых сигнальных путей?
-Увидим ли мы более сильную координацию экспрессии для генов, формирующих одни и те же молекулярные процессы? Можно ли на основании понимания состава таких координированных блоков генов сформировать новый подход к молекулярному фенотипированию опухолей – так, чтобы это лучше отражало их природу и, возможно, помогало их лучше лечить?

3. Насколько различаются между видами приматов группы генов со сцепленной экспрессией? С чем связаны эти различия?
-Мы хотим понять, насколько консервативными окажутся такие координированные в здоровых тканях блоки генов, а для этого – сравнить их у человека и у его отдаленных родственников – различных видов приматов.

Наконец, последний вопрос:
4. Связана ли общая для человека и обезьян сцепленная экспрессия генов с консервативностью их регуляторных последовательностей?
-Мы попробуем разобраться, с чем же связано то, что (возможно) некоторые гены экспрессируются координированно и у человека, и у обезьян. Получилось ли это из-за того, что эволюция регуляторных последовательностей таких генов как бы замерла? Или, наоборот, она идёт, и гены просто активно подстраиваются друг под друга.

ПОЛУЧЕНИЕ МАТЕРИАЛА, ДОСТАТОЧНОГО ДЛЯ НАЧАЛА ПОДГОТОВКИ ОДНОЙ ИЛИ БОЛЕЕ НАУЧНЫХ СТАТЕЙ

Мы гордимся тем, что не просто удовлетворили своё любопытство, но и совместно с командами прошлых Хакатонов довели исследования до конца, опубликовав несколько статей в хороших журналах с общим соавторством. Кроме того, ещё одна статья находится в процессе подготовки. Собственно, в этих работах и даны ответы на поставленные выше фундаментальные вопросы. Вот статьи, которые мы уже опубликовали:

1. Distinct Traits of Structural and Regulatory Evolutional Conservation of Human Genes with Specific Focus on Major Cancer Molecular Pathways. Zakharova G, Modestov A, Pugacheva P, Mekic R, Savina E, Guryanova A, Rachkova A, Yakushov S, Alimov A, Kulaeva E, Fedoseeva E, Kleyman A, Vasin K, Tkachev V, Garazha A, Sekacheva M, Suntsova M, Sorokin M, Buzdin A, Zolotovskaia MA. Cells. 2023 May 2;12(9):1299. doi: 10.3390/cells12091299.
2. Retroelement-Linked H3K4me1 Histone Tags Uncover Regulatory Evolution Trends of Gene Enhancers and Feature Quickly Evolving Molecular Processes in Human Physiology. Nikitin D, Kolosov N, Murzina A, Pats K, Zamyatin A, Tkachev V, Sorokin M, Kopylov P, Buzdin A. Cells. 2019 Oct 8;8(10):1219. doi: 10.3390/cells8101219.
3. H3K4me3, H3K9ac, H3K27ac, H3K27me3 and H3K9me3 Histone Tags Suggest Distinct Regulatory Evolution of Open and Condensed Chromatin Landmarks. Igolkina AA, Zinkevich A, Karandasheva KO, Popov AA, Selifanova MV, Nikolaeva D, Tkachev V, Penzar D, Nikitin DM, Buzdin A. Cells. 2019 Sep 5;8(9):1034. doi: 10.3390/cells8091034.

Среди их авторов – 26 молодых ученых, продуктивно поработавших на прошлых двух Хакатонах и после них, за что мы им благодарны. Надеемся, что и третий Хакатон не станет исключением и тоже даст научные результаты, достойные хорошей публикации.

При желании, участники могут предварительно самостоятельно ознакомиться с методами изучения опухолевых транскриптомов и молекулярных путей. Например, можем порекомендовать следующие статьи:

Программа

Программа Хакатона

06.11.2023

12:00 – 12:30

06.11.2023

Вводная часть, приветственное слово

12:30 – 13:30

06.11.2023

Формирование команд, обсуждение идей по работе над проектами с менторами

13:30 – 14:30

06.11.2023

Перерыв

14:30 – 20:00

06.11.2023

Старт работы над проектами

07.11.2023

10:00 – 13:30

07.11.2023

Продолжение работы над проектами

13:30 – 14:30

07.11.2023

Перерыв

14:30 – 16:00

07.11.2023

Предварительная демонстрация проектов менторам

16:00 – 17:00

07.11.2023

Доработка презентации проектов

17:00 – 18:00

07.11.2023

Презентация проектов

ОРГКОМИТЕТ

ОРГКОМИТЕТ ХАКАТОНА

Хакатон организован сотрудниками Сеченовского университета:
проф. РАН, д.б.н. Антоном Александровичем Буздиным;
директором Института персонализированной онкологии, д.м.н. Мариной Игоревной Секачевой.

Сопредседатели:
к.б.н., Максим Игоревич Сорокин; к.х.н., Галина Сергеевна Захарова; Марианна Арсеновна Золотовская; Александр Андреевич Модестов; Даниил Витальевич Луппов.

Координаторы:
Ангелина Владимировна Жиленкова

Призовой фонд

Подведение итогов
и Призовой фонд Хакатона

Подведение итогов Хакатона и церемония награждения Победителей Хакатона состоятся 08 ноября 2023 года. Публикация итогов Хакатона осуществляется путём размещения информации о Победителях на сайте и объявления результатов в рамках пленарного заседания саммита SIBS-2023.
Представители победивших команд приглашаются для подготовки итоговых материалов Хакатона в виде научных статей.

Победители

Публикация итогов Хакатона осуществляется путём размещения информации о Победителях на сайте.

Награды

Представители победивших команд приглашаются для подготовки итоговых материалов Хакатона в виде научных статей. Победители будут рекомендованы к трудоустройству в Институты Научного Центра мирового уровня "Цифровой биодизайн и персонализированное здравоохранение".

Победители

ПОБЕДИТЕЛИ ХАКАТОНА-2023

Уважаемые участники, в этом году победителями Хакатона стали все три команды

ПОЗДРАВЛЯЕМ!

1 Команда, куратор Золотовская Марианна Арсеновна

Бекбаева Ирина Валерьевна
Углова Юлия Станиславовна
Куприянова Дарья Александровна
Новосадская Анастасия Евгеньевна
Киселëва Ярослава Сергеевна
Гаджиева Айханат Сайгидулбатдаловна
Тимохин Александр Станиславович
Алексеева Арсения Олеговна
Шиков Владимир Сергеевич
Пугачева Полина Александровна
Варвина Дарья Александровна

2 Команда, куратор Лупов Даниил Витальевич

Крюков Александр Ильич
Комаров Николай Андреевич
Передерий Александр Александрович
Волков Виталий Витальевич
Савина Екатерина Александровна
Смирнова Анастасия Олеговна
Безпалая Екатерина Юрьевна
Григорянц Владимир Арменович
Корнеев Александр Александрович
Серафимович Алина Сергеевна
Рощин Филипп Андреевич

3 Команда, куратор Модестов Александр

Гаркуль Лидия
Иванов-Ростовцев Павел Александрович
Калужский Иван Николаевич
Лукьянчикова Елизавета Игоревна
Мекич Риялда
Потапова Алиса Юрьевна
Шестун Павел Андреевич
Шушкевич Елена Петровна
Рахмонкулова Азиза
Долгушева Владислава Анатольевна
Кадирова Фарида Рамильевна
Хабибов Марсель Нуриханович

Партнеры

Партнеры мероприятия

Благодарим наших партнеров за плодотворное сотрудничество